Vaistinis šalavijas nuo seno daugelyje kraštų naudojamas kaip vaistinis augalas. Pasižymi kvapniu eteriniu aliejumi, besikaupiančiu daugiausia lapuose. Jame yra natūralaus antibiotiko salvino, lemiančio antiseptines augalo savybes. Liaudies medicinoje manoma jog lapų nuoviras skatina skrandžio ir kasos sekrecijos liaukų veiklą, dezinfekuoja, slopina uždegimus. Juo gydoma angina, chroniški tonzilitai, kvėpavimo ligos, burnos pažeidimai, odos pažeidimai, plaukų slinkimas ir kt. Pakilus kraujospūdžiui, sumažinti jį galima pakvėpavus sausų šalavijo lapų aromatu.